Una de las características más destacadas de Ocarina of Time es su sistema de viaje en el tiempo. Link puede viajar entre su infancia y juventud utilizando la Ocarina del Tiempo, lo que le permite acceder a nuevas áreas y resolver puzzles de manera creativa. El juego también introdujo la mecánica de "Z-targeting", que permite a Link apuntar y seguir a los enemigos de manera más efectiva.